V e-MA je uporabniku namenjeno več vrst obvestil:
- Obvestila aplikacije
- Obvestila v poštnem predalu
- Obvestila uporabniku in sistemska obvestila uporabniku
- Splošna obvestila.
Opisana so v nadaljevanju.
Obvestila aplikacije
Obvestila so začasna oz. kratkotrajna in nujna.
Namenjena so obveščanju uporabnikov o trenutno aktualnih stanjih (npr. težavah ob podpisu ZzI, nedelovanju določenih funkcionalnosti ali povezanih IS – MFERAC, SI-PASS,
predvidenih vzdrževalnih delih, ipd.).
Slika 5: Obvestila aplikacije – trenutno aktualna stanja
Obvestila v poštnem predalu
Uporabnik do obvestil v poštnem predalu dostopi s klikom na ikono 
.
V poštni predal prejema dvoje vrst obvestil:
- obvestila za uporabnika (pošlje jih OU po potrebi) in
- sistemska obvestila IS e-MA (pošilja jih e-MA ob ključnih dogodkih/ spremembah podatkov).
Število v rdeči oznaki prikazuje število neprebranih obvestil. V poštnem predalu lahko uporabnik s kljukico ob posameznem obvestilu označi, da ga je prebral ali pa s klikom na
gumb »Označi vsa obvestila kot prebrana« označi vsa obvestila kot prebrana.
Slika 6: Poštni predal uporabnika
Obvestila uporabniku in sistemska obvestila
Obvestila se prikažejo na vstopni strani e-MA v posameznih sekcijah. V primeru, da obvestil ni, sekcije niso vidne.
- Sekcija »Obvestila uporabnika«.
V sekciji se prikažejo obvestila, ki so namenjena izključno uporabniku in jih pošlje v
primeru potrebe OU. Za vstop v seznam obvestil uporabnik klikne znak 
.
Prikazanih je le zadnjih 6 obvestil, ostala so na voljo v poštnem predalu. Obvestila, ki
jih uporabnik v poštnem predalu označi kot prebrana, v sekciji niso več vidna.
Slika 7: Sekcija »Obvestila uporabnika«
- Sekcija »Sistemska obvestila«.
V sekciji se prikažejo obvestila, ki jih uporabniku - glede na vlogo (upravičenec, skrbnik pogodbe, kontrolor, ipd.)
sistem samodejno pošlje ob določenih dogodkih (spremembe statusov ZzI, dodeljene ali odvzete pravice, ipd.) sistem e-MA.
Za vstop v seznam obvestil uporabnik klikne znak . Prikazanih je le zadnjih 6 obvestil, ostala so na voljo v poštnem predalu.
Obvestila, ki jih uporabnik v poštnem predalu označi kot prebrana, v sekciji niso več vidna.
Uporabnik sistemska obvestila prejme tudi na e-poštni naslov. V primeru, da jih na e-naslov ne želi prejemati, se lahko od prejemanja obvestil odjavi,
s klikom na ime in priimek in odstranitvijo kljukice v polju »Prejemanje obvestil na email naslov« (opis v točki 2.1).
Slika 8: Sekcija »Sistemska obvestila«
Splošna obvestila
V sekciji »Splošna obvestila« se prikažejo splošna obvestila, ki so namenjena vsem uporabnikom sistema.
Obvestila pošilja OU v vlogi skrbnika e-MA in sicer v primeru obveščanja o novostih (npr. izvedenih nadgradnjah, objavljenih navodilih, ipd.).
Splošna obvestila so začasne narave, trajanje opredeli skrbnik e-MA.
Slika 9: Sekcija »Splošna obvestila«