Kontrolor lahko zavrne ZzI s klikom na gumb »Zavrni« in s tem spremeni status ZzI v Zavrnjen, če vnese vsaj eno ugotovitev tipa "Zavrnitev". V nasprotnem primeru se pojavi okno z opozorilom.
Zavrnitve po statusu Kontrolno pregledan ni.
Slika Slika 357: Opozorilo, če zavrnitev ni možna
Kontrolor, če obstajajo razlogi za zavrnitev ZzI, v zavihku »Pregled listine« doda, s klikom na gumb »Dodaj«, ugotovitev tipa »Zavrnitev« v obrazec, vnosno masko.
Slika 358: Pregled ugotovitve tipa zavrnitev
Po kliku na gumb »Zavrnitev« se odpre okno o zavrnitvi ZzI, besedilno polje, ki je delno že prednapolnjeno z Razlogi za zavrnitev:
- »Zap. št. prijava plačila listine« – številka listine,
- »Opredelitev nepravilnosti« (kot jo je kontrolor izbral iz šifranta),
- »Ugotovitev« (prenese se besedilo, ki ga je kontrolor vnesel v sekcijo »Opis«),
- »Ocenjena vrednost neupravičenega izdatka« (kot jo je vnesel kontrolor v sekcijo »Ocenjena vrednost neupravičenega izdatka«). Pri ugotovitvah tipa Dopolnitev se ocenjenih vrednosti neupravičenih izdatkov
ne vnaša in za vnos ni rubrike, vrednost 0 se napolni samodejno, kot prikazuje pogled:
Slika Slika 359: Okno za zavrnitev ZzI
Opozorilo: Kontrolor mora kontrolni list pripeti v aplikacijo e-MA pred zavrnitvijo ZzI, saj kasneje vnos ni več mogoč.
...
PRIKAZ RAZLOGA ZA ZAVRNITEV ZZI, KOT GA LAHKO VIDI UPRAVIČENEC
Upravičenec vidi razlog za zavrnitev posameznega ZzI v kazalu operacija, v katerem izbere v rubriki: Zahtevki za izplačilo. Za ZzI, ki ga izbere, pa je zavrnjen, bo videl razlog zavrnitve v rubriki »Razlog za zavrnitev«,
celotno besedilo razloga za zavrnitev pa bo videl, če bo kliknil na ikono
. 
Slika 360: Prikaz razloga za zavrnitev ZzI v kazalu Operacija, rubrika Zahtevki za izplačilo 
Slika 361: Celotno besedilo razloga za zavrnitev