V primeru konzorcija ZzI kreira vodilni partner (prejemnik proračunskih sredstev), medtem ko vsak partner vnese svoje listine. Vsi partnerji prijavljajo listine na isti ZzI.
Vsak partner/upravičenec (ti niso prejemniki proračunskih sredstev) v okviru odprtega ZzI prijavi svoj del stroškov na pogodbo o sofinanciranju ali pa vodilni partner
prijavi stroške vseh partnerjev/upravičencev.
Če želi vodilni partner dodati listine drugega partnerja, mora izbrati ustrezno pogodbo/upravičenca. Pogodbo lahko izbere v levem zgornjem kotu zaslona, kjer je
prikazana trenutna operacija in izbrana pogodba.
Drugo pogodbo lahko izbere s klikom na gumb 
.
Vse dodane listine vodilni partner vidi na pogodbi, ki je podlaga za izplačilo.
Slika 264: Izbor pogodbe in upravičenca
V konzorciju je vodilni partner označen kot prejemnik proračunskih sredstev in le ta ZzI elektronsko podpiše in ga odda.
ZzI se izplača vodilnemu partnerju (subjektu, s katerim je sklenjena pogodba o sofinanciranju). Vodilni partner mora vsem partnerjem, ki so imeli prijavljene izdatke na ZzI, prenakazati sredstva,
ki jih je prejel iz proračuna.
Vodilni partner mora vsa dokazila o nakazilu partnerjem priložiti v aplikacijo e-MA in kontrola AP se zaključi šele v tem trenutku, ko skrbnik pogodbe/kontrolor preveri, da je vodilni partner
izvedel nakazila tudi partnerjem.