Izjema: Prijave neplačanih listin, nakazila konzorcijskim partnerjem (t.i. dvostopenjska kontrola)
Upravičenec bo, ko bo ZzI v statusu Plačan, v pogodbeno določenih rokih izvršil plačila neplačanih listin in vnesel dokazila v kazalu »Operacija«, rubriki »Zahtevki za izplačilo«,
v zavihek »Seznam prijavljenih neplačanih listin« in zaključil vnos.
Upravičenec mora, ko je ZzI v statusu Plačan, v pogodbeno določenih rokih izvršiti prenakazilo konzorcijskim partnerjem. Dokazila je možno vnesti v rubriko »Uredi operacijo«,
sekcijo »Dokumenti«, s klikom na ikono 
in nato klikom na gumb 
. Napačno dodan dokument lahko izbriše samo uporabnik z uporabniško pravico
skrbnik pogodbe.
Slika 372: Možnost dodajanja dokazil o prenakazilu konzorcijskim partnerjem
Pred zaključkom AP mora kontrolor pridobiti in preveriti ta dokazila in, če so pravilna, do konca izdelati kontrolni list, ga pripeti v e-MA in spremeniti še stanje kontrole v AP zaključen.
Izjema: Stroški dela Tehnične podpore in pri operacijah NPU=U
Kontrolor ZzI pregleduje, ko je le-ta v statusu Plačan.
Pred zaključkom AP mora kontrolor do konca izdelati kontrolni list in ga pripeti v e-MA.
Kontrolor ima le en gumb, katerega klik spremeni status ZzI v Plačan in spremembo stanja kontrole v zaključek AP.
Izjema: Finančni instrumenti (ZzIF)
Kontrolor izvede administrativno preverjanje po 125. členu, izpolni kontrolni list in o uspešno izvršenem preverjanju obvesti kontrolorja CA. Kontrolor CA izvede preverjanje po 126. členu in
izpolni kontrolni list kontrolorja CA z informacijo o statusu kontrole CA (zavrnjen ali kontrola CA je končana), ga pošlje kontrolorju, ki je izvedel kontrolo po 125. členu, ki oba kontrolna lista
pripne v e-MA, in ustrezno zaključi kontrolo AP (ki v tem primeru velja za Kontrola AP + CA zaključena).
Proces kontrole AP se v primeru kontrole ZZIF spremeni tako, da je po kontrolnem pregledu ZZIF kontrolno pregledan in je stanje Kontrola AP zaključena (KL priložen že ob zahtevku za pripravo
odredb). Za odredbe se uvede sistemska kontrola, ki ob prenosu predloga odredb preveri, ali se zneski ZZIF in odredb ujemajo, sicer aplikacija odredbe zavrne.