V e-MA je uporabniku namenjeno več vrst obvestil:
- Obvestila aplikacije.
- Obvestila v poštnem predalu.
- Obvestila uporabniku in sistemska obvestila uporabniku.
- Splošna obvestila.
Opisana so v nadaljevanju.
Obvestila aplikacije
Obvestila so začasna oz. kratkotrajna in objavljena v nujnih primerih.
Namenjena so obveščanju uporabnikov o trenutno aktualnih stanjih (npr. težavah ob podpisu ZzI, nedelovanju
določenih funkcionalnosti ali povezanih IS – MFERAC, SI-PASS, predvidenih vzdrževalnih delih, ipd.).
Slika 2.2-1: Obvestila aplikacije – trenutno aktualna stanja
Obvestila v poštnem predalu
Uporabnik do obvestil v poštnem predalu dostopi s klikom na ikono 
.
V poštni predal prejema dvoje vrst obvestil:
- obvestila za uporabnika (pošlje jih OU po potrebi) in
- sistemska obvestila IS e-MA (pošilja jih e-MA ob ključnih dogodkih/ spremembah podatkov).
Število v rdeči oznaki prikazuje število neprebranih obvestil.
Slika 2.2-2: Poštni predal uporabnika
V poštnem predalu lahko uporabnik s kljukico ob obvestilu označi, da ga je prebral ali pa s klikom na gumb
»Označi vsa obvestila kot prebrana« označi vsa obvestila kot prebrana.
Slika 2.2-3: Gumbi za označevanje prebranih obvestil
Obvestila uporabniku in sistemska obvestila
Obvestila se prikažejo na vstopni strani e-MA po posameznih sekcijah. V primeru, da obvestil ni, sekcije
niso vidne.
- Sekcija »Obvestila uporabnika«.
V sekciji se prikažejo obvestila, ki so namenjena izključno uporabniku in jih pošlje v primeru potrebe OU.
Za vstop v seznam obvestil uporabnik klikne znak 
. Prikazanih je le zadnjih 6 obvestil, ostala so na
voljo v poštnem predalu. Obvestila, ki jih uporabnik v poštnem predalu označi kot prebrana, v sekciji niso
več vidna.
Slika 2.2-4: Sekcija »Obvestila uporabnika«
- Sekcija »Sistemska obvestila«.
V sekciji se prikažejo obvestila, ki jih uporabniku - glede na vlogo (upravičenec, skrbnik pogodbe, kontrolor, ipd.)
sistem samodejno pošlje ob določenih dogodkih (spremembe statusov ZzI, dodeljene ali odvzete pravice, ipd.)
sistem e-MA.
Za vstop v seznam obvestil uporabnik klikne znak . Prikazanih je le zadnjih 6 obvestil, ostala so na voljo v
poštnem predalu.
Obvestila, ki jih uporabnik v poštnem predalu označi kot prebrana, v sekciji niso več vidna.
Uporabnik sistemska obvestila prejme tudi na e-poštni naslov. V primeru, da jih na e-naslov ne želi prejemati, se
lahko od prejemanja obvestil odjavi, s klikom na ime in priimek in odstranitvijo kljukice v polju »Prejemanje
obvestil na email naslov« (opis v točki 2.1).
Slika 2.2-5: Sekcija »Sistemska obvestila«
Splošna obvestila
V sekciji »Splošna obvestila« se prikažejo splošna obvestila, ki so namenjena vsem uporabnikom sistema.
Obvestila pošilja OU v vlogi skrbnika e-MA in sicer v primeru obveščanja o novostih (npr. izvedenih nadgradnjah,
objavljenih navodilih, ipd.). Splošna obvestila so začasne narave, trajanje opredeli skrbnik e-MA.
Slika 2.2-6: Sekcija »Splošna obvestila«