Izjema: Prijave neplačanih listin, nakazila konzorcijskim partnerjem (t.i. dvostopenjska
kontrola)
Upravičenec bo, ko bo ZzI v statusu Plačan, v pogodbeno določenih rokih izvršil plačila neplačanih
listin in vnesel dokazila v kazalu »Operacija«, rubriki »Zahtevki za izplačilo«, v zavihek »Seznam
prijavljenih neplačanih listin« in zaključil vnos.
Upravičenec mora, ko je ZzI v statusu Plačan, v pogodbeno določenih rokih izvršiti prenakazilo
konzorcijskim partnerjem. Dokazila je možno vnesti v rubriko »Uredi operacijo«, sekcijo »Dokumenti«,
s klikom na ikono 
in nato klikom na gumb 
. Napačno dodan dokument lahko izbriše
samo uporabnik z uporabniško pravico skrbnik pogodbe.
Slika 371: Možnost dodajanja dokazil o prenakazilu konzorcijskim partnerjem
Pred zaključkom AP mora kontrolor pridobiti in preveriti ta dokazila in, če so pravilna, do konca izdelati
kontrolni list, ga pripeti v e-MA in spremeniti še stanje kontrole v AP zaključen.
Izjema: Stroški dela Tehnične podpore in pri operacijah NPU=U
Kontrolor ZzI pregleduje, ko je le-ta v statusu Plačan.
Pred zaključkom AP mora kontrolor do konca izdelati kontrolni list in ga pripeti v e-MA.
Kontrolor ima le en gumb, katerega klik spremeni status ZzI v Plačan in spremembo stanja kontrole v
zaključek AP.
Izjema: Finančni instrumenti (ZzIF)
Kontrolor izvede administrativno preverjanje po 125. členu, izpolni kontrolni list in o uspešno izvršenem
preverjanju obvesti kontrolorja CA. Kontrolor CA izvede preverjanje po 126. členu in izpolni kontrolni list
kontrolorja CA z informacijo o statusu kontrole CA (zavrnjen ali kontrola CA je končana), ga pošlje kontrolorju,
ki je izvedel kontrolo po 125. členu, ki oba kontrolna lista pripne v e-MA, in ustrezno zaključi kontrolo AP
(ki v tem primeru velja za Kontrola AP + CA zaključena).
Po vnosu kontrole AP se spremeni stanje kontrole v AP zaključen.