1.4.2.1. Eno- in dvostopenjska kontrola AP
V primeru dvostopenjske kontrole direkten prehod iz statusa »V kontroli AP« v »Odobren« ne bo možen, ampak bo moral kontrolor najprej ZZI prestaviti v status »Kontrolno pregledan«. Ob tem se prav tako v MFERAC pošljejo podatki za pripravo odredb. V tem statusu bo lahko kontrolor vrnil ZZI v dopolnitev plačil, kjer bo upravičenec dopolnil datum plačila in dodal dokazila na neplačanih listinah oz. dodal potrdila o izvedenih nakazilih konzorcijskim partnerjem. Upravičenec bo lahko oboje urejal v modulu »Zahtevki za izplačilo«, kjer ZZI tudi pripravi. Če bo ZZI še v statusu »Kontrolno pregledan« ali »V dopolnitvi plačil«, ko bo iz MFERAC prišla informacija o plačanih odredbah, bo ZZI dobil značko »Plačan ZZI«, ki se bo prikazovala v modulu »Zahtevki za izplačilo« kot tudi v modulu »Kontrole AP« na straneh »Zahtevek za izplačilo« in »Prijava stroška« (značka »Plačan ZZI« se prikazuje le do statusa ZZI »Plačan«, nato ta podatek označuje že ime statusa ZZI). Ko bo upravičenec dopolnil plačila in vrnil ZZI v status »Kontrolno pregledan«, bo kontrolor preveril podatke na ZZI ter odobril ZZI, če bodo podatki pravilni, sicer bo lahko ZZI vrnil v dopolnitev plačil. Ob prehodu iz »Kontrolno pregledan« v »V dopolnitvi plačil« bo kontrolor moral obvezno vpisati opombo ob prehodu statusov. Enako velja ob vrnitvi ZZI v »Kontrolno pregledan« - takrat bo opombo moral vpisati upravičenec.
Kontrolor bo lahko na ZZI, kjer zadošča enostopenjska kontrola, označil, da se bo kontrola izvajala dvostopenjsko. Pri tem bo postopek prehoda statusov enak kot v zgornjem odstavku.
Na ZZI z neplačanimi listinami in v primeru konzorcijskih partnerjev (obstaja vsaj en upravičenec med prijavami stroškov ZZI, ki je različen od upravičenca-prejemnika na ZZI) bo dvostopenjska kontrola obvezna. Način izvajanja kontrole AP se bo določil od oddaji ZZI.
Podatek o tem, kdaj je listina neplačana, se določi v trenutku, ko je ZZI oddan.